Szkolenie dedykowane jest pracownikom działów finansowo księgowych pracujących w podmiotach medycznych, rozliczających podatek VAT i CIT w transakcjach z instytucjami i osobami fizycznymi. Podczas szkolenia wskazujemy najważniejsze zasady, które obowiązują w 2025 rok w zakresie podatku CIT, PIT i VAT jak i praktyczne przygotowanie do JPK CIT , JPK ŚT i Krajowego Systemu e-Faktur.

DZIEŃ I
Podatek VAT w 2025 roku służbie zdrowia – podmiotach medycznych.

I. Wybrane problemy dotyczące rozliczania podatku VAT.

1. Wysokość podatku z tytułu świadczenia usług medycznych oraz innych czynności:

a) źródło finansowania a zwolnienie z VAT (NFZ, pacjent, pracodawca, ubezpieczyciel),
b) usługi w zakresie opieki medycznej opodatkowane według stawki 23%,
c) e-porady a zwolnienie z podatku VAT,
d) miejsce świadczenia usług opieki zwrotnej – problem zagranicznych pacjentów,
e) usługi na zlecenie sądów, prokuratur policji, ZUS, KRUS itp.,
f) badania kliniczne – stawka i miejsce ich opodatkowania,
g) usługi paramedyczne (usługi rehabilitacyjne, turnusy rehabilitacyjne, fizjoterapeuci itd.),
h) usługi transportu sanitarnego; zabezpieczanie imprez masowych,
i) dostawa i WNT leków i wyrobów medycznych / krwi, narządów ludzkich, mleka kobiecego,
j) usługi techników dentystycznych oraz dostawa protez dentystycznych lub sztucznych zębów,
k) import usług opieki medycznej (np. badań laboratoryjnych),
l) outsourcing usług medycznych,
m) badanie diagnostyczne wykonywane z inicjatywy pacjenta, ze skierowaniem i bez skierowania – czy potrzebne oświadczenie pacjenta,
n) usługi wykonania testów diagnostycznych do badan naukowych,
o) usługi gotowości do świadczenia usług medycznych,
p) usługi rehabilitacyjne świadczone odpłatnie i nieodpłatnie,
q) usługi przechowywania zwłok,
r) zwolnienie usług transportu wykonywanego na zlecenie lekarza oraz bez zlecenia lekarza,
s) stawka 23 i 8% w służbie zdrowia,
t) usługi najmu i refaktura mediów,
u) dostawy leków, urządzeń i materiałów medycznych a matryca stawek VAT,
v) dostawy towarów używanych a zwolnienia z podatku VAT.

2. Obowiązek podatkowy i podstawa opodatkowania w służbie zdrowia – wybrane zagadnienia:

a) usługi opieki medycznej,
b) problem nadlimitów w NFZ,
c) obligatoryjna metoda kasowa w służbie zdrowia – m.in. kserokopie dokumentacji medycznej dla sądów,
d) badania kliniczne,
e) usługi najmu i refaktura mediów,
f) podstawa opodatkowania i jej korekty,
g) rozliczenie faktur korygujących sprzedaż.

3. Dokumentowanie:

a) zasady wystawiania i przechowywania faktur i e-faktur, faktur korygujących, not korygujących oraz duplikatów,
b) JPK_FA,
c) faktura ustrukturyzowana z Krajowego Systemu e-Faktur – obecne dobrowolne rozwiązania (m.in. definicja, obowiązek otrzymania zgodny nabywcy, data wystawienia i otrzymania faktury ustrukturyzowanej, przechowywanie faktury ustrukturyzowanej, korekty faktury ustrukturyzowanej),
d) obowiązkowy KSeF (faktury dla podatników i instytucji publicznych obowiązkowo w KSeF, faktury dla ludności poza KSeF, faktury w okresie awarii i niedostępności KSeF (dodatkowe znaczniki faktur ustrukturyzowanych), korekty faktur ustrukturyzowany – brak możliwości anulowania i likwidacja not korygujących) – przygotowania do wdrożenia obowiązkowego KSeF,
e) faktury ustrukturyzowane w zamówieniach publicznych w służbie zdrowia,
f) kasa fiskalna w służbie zdrowia – kwestia posiadania kasy on-line,
g) faktury do paragonów dla firm,
h) paragony elektroniczne i dotyczące ich problemy,
i) przepisy wykonawcze dot. zwolnień z obowiązku stosowania kas fiskalnych,
j) kasy on-line w ochronie zdrowia.

4. Pozostałe kwestie dotyczące rozliczenia podatku VAT w służbie zdrowia:

a) odliczenie podatku naliczonego w służbie zdrowia,
b) odliczenie wg struktury sprzedaży oraz korekty (sygnalizacja tzw. prewskaźnika),
c) mechanizm podzielonej płatności w służbie zdrowia,
d) transakcje międzynarodowe (np. WNT, import i eksport usług) w służbie zdrowia – wybrane problemy,
e) zasady przeliczania kwot wyrażonych w walucie obcej,
f) czynności nieodpłatne w służbie zdrowia,
g) zwolnienie podmiotowe w służbie zdrowia – wskazanie takiej możliwości dla mniejszych placówek , co należy wliczać do progu 200 000 zł?

DZIEŃ II
Podatek CIT I PIT W 2025 roku w służbie zdrowia – podmiotach medycznych.

I. Podatek PIT

1. Rozliczenia podatku z zastosowaniem ulg podatkowych – ulga dla młodych, dla seniora, 4+

2. Rozliczenia płac z podwyższonymi kosztami uzyskania przychodu.

3. Rozliczenia PIT po śmierci pracownika.

4. Zasady rozliczeń świadczeń z ZFŚŚ w 2025 roku.

5. Zasady rozliczeń odszkodowań , zapomóg i innych świadczeń od strony płatnika.

6. Zgłoszenie na drukach MDR korzyści podatkowych od strony płatnika.

II. Podatek CIT 

1. Zasady kwalifikacji przychodów i kosztów z tytułu rozliczeń z NFZ, usług komercyjnych i badań klinicznych.

2. Zasady kwalifikacji do kosztów podatkowych świadczeń pracowniczych – wydatki z kodeksu pracy i pozostałe.

3. Różnice między wynikiem rachunkowym i podatkowym – Dane, o które należy uzupełnić księgi rachunkowe od 2025 r., celem wypełnienia obowiązku obligatoryjnego raportowania – kiedy księgi należy uzupełnić dodatkowo o:
a) dane identyfikacyjne kontrahenta podatnika:
• numer identyfikacji podatkowej, o ile został nadany,
• w przypadku gdy kontrahent podatnika jest:
‒ osobą fizyczną nieprowadzącą działalności gospodarczej – wskazanie nazwiska i pierwszego imienia kontrahenta,
‒ osobą fizyczną prowadząca działalność gospodarczą – wskazanie nazwiska i pierwszego imienia kontrahenta, a także dodatkowego określenia, które przedsiębiorca włącza do firmy,
‒ w pozostałych przypadkach – wskazanie pełnej nazwy kontrahenta.
b) w przypadku faktur stanowiących dowód księgowy – numer identyfikujący fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur, o ile został nadany,
c) znaczniki identyfikujące konta rachunkowe wykazywane według słownika znaczników identyfikujących konta rachunkowe m.in. dla:
• banków, zakładów ubezpieczeń i zakładów reasekuracji, jednostek, organizacje pozarządowe, funduszy inwestycyjnych, domów maklerskich, spółdzielczych kas oszczędnościowo-kredytowych,
d) dane potwierdzające nabycie, wytworzenie lub wykreślenie z ewidencji środka trwałego lub wartości niematerialnej i prawnej:
• w przypadku faktur stanowiących dowód księgowy – numer identyfikujący fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur, o ile został nadany,
• określenie rodzaju dowodu potwierdzającego nabycie, wytworzenie lub wykreślenie z ewidencji,
• numer identyfikacji podatkowej kontrahenta podatnika.
e) wysokość, rodzaj i typ różnicy pomiędzy wynikiem bilansowym i podatkowym,
f) wysokość i rodzaj dochodu podlegającego opodatkowaniu w odniesieniu do podatników opodatkowanych ryczałtem od dochodów spółek.

4. Zgłoszenie na drukach MDR korzyści podatkowych od strony podmiotu medycznego jako podatnika.

5. Ewidencja środków trwałych i wartości niematerialnych w JPK ŚT:
a) Podstawowe zasady prowadzenia ewidencji, problematyka ustalania wartości początkowej, ulepszenia i remont, likwidacja.
b) typy różnic pomiędzy wynikiem bilansowym i podatkowym (tj. różnice stałe oraz różnice przejściowe) – zasady uwzględniania w prowadzonych księgach
c) Jak prowadzić ewidencję uzupełnioną o dodatkowe dane w specyficznych przypadkach (np. dochodzi do wytworzenia ŚT lub nabyty WNiP podlega dostosowaniu co wiąże się z kosztami powiększającymi wartość początkową).